Seit der Gründung des Vereins im Jahr 2009 wird beim FSV Gütersloh Frauenfußball gespielt. Seitdem macht der FSV da weiter, wo der FC Gütersloh bereits im Jahr 1984 angefangen hat. Damals leistete man beim FC Pionierarbeit für den Frauenfußball und gründete schon sehr früh eine Frauenfußballabteilung. Deren größte Erfolge waren die Vize-Meisterschaft in der 2. Frauen-Bundesliga Nord in der Saison 2007/2008 und die Deutsche B-Juniorinnen Meisterschaft im Jahr 2002. Der FC Gütersloh zählte außerdem zu den Gründungsmitgliedern der 2. Bundesliga. Doch aufgrund der schwierigen finanziellen Situation des Vereins, machte sich die Frauenabteilung im Jahr 2009 selbstständig und gründete sich als heutiger FSV Gütersloh 2009 e. V..